Fundación del convento, evolución hasta la era husita

En el año 1285 llega a Praga, invitada por el rey Wenceslao II, una nueva orden – Ordo emeritarum sancti Augustini – la Orden de los eremitas de San Agustín. El rey erigió el convento (que había fundado «pro anima patris sui», es decir, para la salvación del alma de su padre) bajo el castillo en que resdía la Corte, en la «Ciudad Menor de Praga», hoy Malá Strana. El paraje no estaba desierto. Allí se levantaba la vieja iglesia de Santo Tomás, mencionada ya en la primera mitad del siglo XIII; otra construcción sacra de esta zona era la capilla de Santa Dorotea. El derecho de patronazgo recaía en el convento benedictino de Břevnov u Prahy. Tras un acuerdo con el rey, en 1286, el abad de Břevnov renunció al terreno y al derecho de patronazgo en favor de la nueva orden.

La construcción de la iglesia y del convento se inició probablemente de forma inmediata. Provisionalmente, sirvieron para los fines eclesiásticos bien la antigua iglesia de Santo Tomás o algún oratorio junto al que se menciona un cementerio.

No se han coservado documentos directos del aspecto original del convento. Entre las partes más antiguas de la construcción actual se encuentran la capilla de Santa Dorotea y parte de la pared septentrional de la iglesia, en el presibiterio. La gruesa sillería y las estrechas ventanas de la parte meridional atestiguan la antigüedad de la capilla – aproximadamente de mediados del siglo XIII. El aspecto acual es, con toda seguridad, resultado de las modificaciones del siglo XIV.

La construcción de la iglesia, concebida en tres naves, continuó desde el este, es decir, desde el presbiterio. La antigua iglesia original debió de ser paulatinamente destruida, quedando como vestigio la mencionada parte de la pared septentrional en el nuevo coro. Este fue terminado y consagrado en el año 1315, conservando su carácter gótico a pesar de las sucesivas reconstrucciones de los siglos posteriores. La consagración se llevó a cabo con la participación de altos representantes de la Iglesia: consagró el arzobispo de Maguncia, Pedro de Aspelt, y estuvieron presentes el arzobispo de Tréveris, Balduino, y el obispo de Praga, Juan IV de Dražice. Los elementos constructivos originales se conservaron parcialmente sobre la bóveda actual, en el espacio bajo el tejado del templo, siendo más evidentes desde fuera, donde resulta apreciable hasta hoy el acabado poligonal del presbiterio con sus contrafuertes góticos.

A lo largo del siglo XIV se construyeron las tres naves con una seria de capillas. Desde el año 1339 van apareciendo menciones a las capillas de San Nicolás, San Juan Evangelista, San Mateo, San Pedro y San Pablo, San Antonio, San Agustín y, hacia el año 1400, la capilla del Corpus Christi. El espacio de tres naves fue solemnemente consagrado en 1379 por el legado papal, el cardenal Pileus, con la participación del arzobispo de Praga, Juan de Jenštejn, el arzobispo de Maguncia, Luis, y el obispo de Olomouc, Juan de Středa. En noviembre del mismo año fue consagrada la reconstruida capilla de Santa Dorotea.

Tras la finalización del presbiterio no sólo se continuó en la construcción de las naves, sino que debió de ser edificada también el ala oriental del convento con el claustro, puesto que en el año 1339 se menciona la capilla de San Felipe y Santiago – actual capilla de Santa Bárbara, fundada por el notario real Esteban de Tetín. Esta servía de sala capitular y en el siglo XIV muestraba ya varios altares, que habría consagrado «Juan, obispo de Olomouc», con toda probabilidad Juan de Středa, canciller de Carlos IV. El espacio, abovedado sobre dos pilares octogonales, sufrió varios arreglos: en 1410 se añadió a la capilla un pequeño presbiterio, arreglado posteriormente en estilo barroco. El aspecto actual de la bóveda se debe a las remodelaciones de finales del siglo XV y del siglo XVI.

La capilla no es el único espacio gótico conservado en el ala oriental. Entre el presbiterio y la sacristía se encuentra un pasillo que data del segundo cuarto del siglo XIV. Conserva un arco de nervadura de refuerzo. Además, durante los trabajos de restauración de mediados del siglo XX se descubrieron en la pared del coro dos arcos de medio punto con soportes del gótico temprano, que se estiman del segundo tercio del siglo XIII. Se trata probablemente de un resto de la antigua construcción benedictina. En una de las arcadas se ha conservado un fresco de mediados del siglo XIV.

Desde el pasillo se accede a la sacristía, arqueada a las cuatro esquinas de una bóveda en cruz con un pilar octogonal central; en la esquina noroccidental está situado un pequeño espacio de función original desconocida. La sacristía fue decorada con frescos alrededor del año 1353, quizás a sugerencia de Juan de Středa, gran protector del convento.

En esta época continuó la construcción del claustro, como demuestran los pilares maestros originales en el espacio delante de la capilla de Santa Bárbara, la parte más antigua del crucero. En el año 1368 aparece la primera mención a la biblioteca, en 1398 se terminó el refectorio, en 1420 el dormitorio, la panadería y los sótanos. La portada occidental había de adornarse con dos torres. Parece ser que en 1405 estaba terminada solo la septentrional, que, a pesar de las remodelaciones, nos muestra hasta hoy su primitivo origen. La torre meridional debió de quedarse al nivel de la pared lateral de la iglesia.

También se encuentra entre las partes góticas conservadas de esta iglesia la escalera de caracol que va desde el pasillo ante la sacristía hasta los pisos superiores del convento.

Una descripción de la equipación interior de la iglesia nos es ofrecida por un inventario datado a principios del siglo XV: había 13 estatuas de madera, en el centro de la iglesia había un altar de la Visitación consagrado en el año 1414. Encima de él estaba colocada una estatua de la Virgen María, regalada en el año 1396 por Marvart de Kost. En el coro se colgaban en ocasiones solemnes tapices con episodios de la vida de Cristo y de San Agustín. En el año 1412 se colgó en la torre una campana que había fundido el maestro Juan, herrero de Týn, por 116 sesentenas de kopas (kopa = sesenta groše). Pesaba 52 centnýres (unos 3200 kg.) y la torre tuvo que ser reformada para poder soportar su peso.

Santo Tomás se contaba entre las iglesias más significativas de Praga por su tamaño y ornamentación.

El convento fue asimismo holgadamente agraciado en terrenos. A la donación original se le añadieron los regalos de miembros de diversas dinastías señoriales. En el año 1306, Kunhuta, abadesa del monasterio de San Jorge, en el Castillo de Praga, hija del rey Premysl Otakar II, regaló al convento el llamado «Jardín de bolsos», varias casas (hoy números 29–32) y la cervecería (número 33), con lo que la parcela del convento rebasó los muros de la ciudad. En 1323 donaron otro terreno el rey Juan de Luxemburgo y su mujer Eliška; en 1351, Carlos IV, quien, además, excluyó en 1353 de la autoridad municipal los territorios donados y los sometió a la jurisdicción del convento (al llamado «derecho de contigüidad»). El monasterio culminó la ampliación de su recinto en 1358 con la compra de un terreno en la actual Plaza de Valdštejn, donde se levantó el edificio original de la cervecería. De esta manera surgió una ciudadela delimitada hoy más o menos por las calles Letenská, Tomášská y los terrenos colindantes del palacio de Valdštejn.